Botín làm việc chp JP Morgan tại Hoa Kỳ từ năm 1980 đến năm 1988.[6] Năm 1988, bà quay trở về Tây Ban Nha và bắt đầu làm việc cho Tập đoàn Santander. Trong thời gian đó, bà đã tham gia vào việc mua lại 51% cổ phần của ngân hàng năm 1997 đối với Banco Osorno y La Union - ngân hàng lớn nhất ở Chile, có trị giá lên đến 495 triệu đô la.[7] Năm 2002, bà trở thành chủ tịch điều hành của ngân hàng Banesto (Tây Ban Nha). Vào tháng 11 năm 2010, Botín kế nhiệm António Horta Osório để trở thành CEO của ngân hàng Santander UK.[8]

Năm 2013, Botín được đề cử làm giám đốc của Công ty Coca-Cola.[9]

Tháng 9 năm 2014, Botín được bổ nhiệm làm chủ tịch của Tập đoàn Santander.[10][11] Kể từ khi phụ trách, bà đã thu hút nhiều thành viên hội đồng quản trị quốc tế, nắm bắt dòng chảy công nghệ và củng cố vững chắc cho đội ngũ quản lý của Hoa Kỳ và Châu Mỹ Latinh.[12]